Сюжет Towa no Yugure разворачивается вокруг Акиры, старшеклассника, которого погрузили в анабиоз и который просыпается через 200 лет в мире, опустошённом войной. Теперь обществом управляет единая организация под названием OWEL, а традиционная концепция брака была заменена системой под названием «Элси» (или «LC»). Проснувшись, Акира встречает андроида по имени Югурэ, который поразительно похож на его бывшую девушку Товасу. Югурэ сразу же делает Акире предложение, чем приводит его в замешательство. Полагая, что Товаса всё ещё может существовать где-то в этом мире, Акира отправляется в путешествие с Югурэ в поисках истины.